Genetic characterization of canine respiratory coronavirus

Sammanfattning: Kennelhosta är ett samlingsnamn för en grupp virus- och bakterieinfektioner som ofta drabbar hundar som är tillsammans med större grupper av andra hundar. Symptomen är oftast milda, vanligtvis med en torr, hackande hosta, men kan i vissa fall ta sig uttryck som svårare symptom som lunginflammation. De vanligaste infektionsämnena är hundens parainfluensavirus (CPIV), hundens respiratoriska coronavirus (CRCoV), hundens adenovirus typ 2 (CAV-2) och bakterien Bordetella bronchiseptica. Hundens respiratoriska coronavirus är det virus som undersöktes i studien som ligger till grund för den här rapporten. Familjen coronavirus innehåller de största membranomslutna virusen med RNA som arvsmassa med genomstorlekar på upp till 32000 baser. Dess medlemmar har en gemensam genomstruktur med två stora öppna läsramar (ORF:s) i sin 5’-ände och gener som kodar för strukturella protein, det vill säga protein som bygger upp viruskapsiden, i 3’-änden i ordningen S – E – M – N där S är ett spikprotein, E är ett höljeprotein, M är ett membranprotein och N är ett nukleoprotein. Mellan dessa proteiner finns ofta olika mindre protein som inte är gemensamma för hela familjen, varav ett är ett influensa-likt hemagglutinin-esteras. I studien som ligger till grund för den här rapporten undersöktes sekvensen som kodar för tre strukturella protein hos hundens respiratoriska coronavirus; spikproteinet, membranproteinet och hemagglutinin-esteraset. Hundens respiratoriska coronavirus (CRCoV) tillhör underfamiljen betacoronavirus som också innehåller bland annat nötboskapens coronavirus, människans coronavirus OC43, musens hepatitvirus och hästens coronavirus. Fylogenetiska undersökningar gjordes där CRCoV jämfördes med andra betacoronavirus, samt de tio specifika prover som tagits i Sverige. Ytterligare jämförelser gjordes även mellan andra sekvenser från tidigare studier av CRCoV runtom i världen (Korea, Storbritannien, Italien och Japan). Det laborativa arbetet bestod i att till en början syntetisera cDNA från RNA som extraherats från nos- och svalgsvabbar från hundar som besökt utvalda veterinärkliniker runtom i landet och som visats vara PCR-positiva för CRCoV. cDNA:t användes sedan som templat för PCR-amplifikation av den virala arvsmassan och efter gelelektrofores, antingen enbart för att fastslå att PCR-reaktionen var lyckad eller för att också i vissa fall gelrena PCR-produkten, skickades PCR-produkterna för sekvensering. Primerpar användes för totalt sex genfragment, hemagglutinin-esterasgenen, membranproteingenen och fyra fragment för spikproteingenen. Antalet sekvenser per prov blev varierat; i vissa prover blev samtliga fragment sekvenserade och i andra bara några få fragment. Två prover gav aldrig några PCR-produkter över huvudtaget. De CRCoV-genom som undersöktes verkade intressant nog ligga närmast ett isolat från en hund i Japan. Det är intressant eftersom sekvenser från virus isolat i England, som geografiskt ligger betydligt närmare, var förhållandevis långt bort från de svenska proverna rent fylogenetiskt. Även sekvenser tagna från coronavirus från svenska kor låg långt bort i trädet vilket borde betyda att det är osannolikt att det CRCoV som finns endemiskt i svenska hundar kommer från en separat överföring från svenska kor utan snarare antingen från andra hundar som besökt Sverige eller från utländska hundar som importerats till Sverige.