Sökning: "GRN inference"

Hittade 3 uppsatser innehållade orden GRN inference.

  1. 1. Inferring Gene regulatory networks using Graph Neural Networks

    Master-uppsats, KTH/Genteknologi

    Författare :Sohta Makino; [2023]
    Nyckelord :Graph Attention Network; Gene regulatory Network; Transcription; Data Science; Machine learning; Genreglering; transkription; dataanalys; Inferens; maskininlärning;

    Sammanfattning : Inom beräkningsbiologin är det snabbt på väg att bli allt vanligare att ta fram genetiska regleringsnätverk (GRN). På grund av storleken på de undersökta nätverken använder många forskare maskininlärning för att härleda GRN från genuttrycksdata, vanligtvis från RNA-seq. LÄS MER

  3. 2. Imputing connections of random gene networks from time series data using ANNs

    Master-uppsats, Lunds universitet/Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisation

    Författare :Sofia Andersson; [2022]
    Nyckelord :artificial neural networks; ANNs; gene regulatory networks; GRNs; imputation; gene regulatory network imputation; GRN imputation; CNNs; convolutional neural network; randomly generated networks; ternary classification; binary classification; network inference; Physics and Astronomy;

    Sammanfattning : This thesis presents the architecture of a convolutional neural network which is trained to impute the connections of randomly generated gene regulatory networks under varying amounts of regularisation. The generated gene networks are simulated from 10 different starting conditions for each set of connections in order to obtain multiple time series. LÄS MER

  4. 3. A Mixture-of-Experts Approach for Gene Regulatory Network Inference

    Master-uppsats, Blekinge Tekniska Högskola/Institutionen för datalogi och datorsystemteknik

    Författare :Borong Shao; [2014]
    Nyckelord :GRN inference; Ensemble learning; Mixture-of-Experts; network motif analysis;

    Sammanfattning : Context. Gene regulatory network (GRN) inference is an important and challenging problem in bioinformatics. A variety of machine learning algorithms have been applied to increase the GRN inference accuracy. Ensemble learning methods are shown to yield a higher inference accuracy than individual algorithms. LÄS MER