Sökning: "scRNA-seq"

Visar resultat 1 - 5 av 10 uppsatser innehållade ordet scRNA-seq.

  1. 1. Regulatory Driven Clustering of Single-Cell Data; Clustering of single-cell RNA sequencing from glioblastoma with a novel mathematical method

    Master-uppsats, Göteborgs universitet/Institutionen för matematiska vetenskaper

    Författare :Kári Kristjánsson; [2023-08-08]
    Nyckelord :;

    Sammanfattning : Cancer is a leading cause of death worldwide. Single-cell RNA sequencing has arisen as an important method to explore the gene expression of biological cells, including cancer cells. In this study, we deployed a computational algorithm known as ScRegClust to dissect single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) data from brain tumors. LÄS MER

  3. 2. Developing Automated Cell Segmentation Models Intended for MERFISH Analysis of the Cardiac Tissue by Deploying Supervised Machine Learning Algorithms

    Master-uppsats, KTH/Kemi

    Författare :Julia Rune; [2023]
    Nyckelord :Cell Segmentation; Cellpose; Supervised Machine Learning; MERFISH; Heart Failure; Cellsegmentering; Cellpose; Övervakad Maskininlärning; MERFISH; Hjärtsvikt;

    Sammanfattning : Följande studie behandlar utvecklandet av automatiserade cellsegmenteringsmodeller med avsikt att identifiera gränser mellan celler i hjärtvävnad. Syftet är att möjliggöra analys av data genererad från multiplexed error-robust in situ hybridization (MERFISH). LÄS MER

  4. 3. Single-cell RNA-seq mapping of chicken leukocytes : An investigation into single-cell transcriptomics as an alternative to traditional immunological methods within non-traditional model organisms

    Uppsats för yrkesexamina på avancerad nivå, Uppsala universitet/Mikrobiologi och immunologi

    Författare :Matilda Maxwell; [2023]
    Nyckelord :Bioinformatics; scRNA-seq; avian; immunology; Seurat; leukocytes; chicken; gallus gallus; 10x genomics; PCA;

    Sammanfattning : The immune system is a complex infrastructure where many cells interact with each other and perform duties depending on their type and function. When using traditional immunological methods in studying non-traditional model organisms, such as birds, challenges arise. LÄS MER

  5. 4. Benchmarking of computational methods for Spatial Transcriptomics Data analysis

    Master-uppsats, KTH/Proteinvetenskap

    Författare :Nima Taherpour; [2022]
    Nyckelord :Spatial Transcriptomics; Scanpy; Squidpy; Giotto; Seurat;

    Sammanfattning : Ökningen av sekvenseringsdata har skapat ett behov av att ta fram nya och flexibla analysmetoder för att kunna analysera datan. Många sekvenseringsteknologier har utvecklats genom åren, med olika syften och de är idag mer specialiserade. LÄS MER

  7. 5. An explorative study of gene expression of relevance to T cells and cancer

    Master-uppsats, KTH/Proteinvetenskap

    Författare :Nagham Saleh; [2022]
    Nyckelord :CAR T-cells; ScRNA-seq; Cytokine; Differentiation; Scanpy; CAR T-celler; ScRNA-seq; Cytokin; Differentiering; Scanpy;

    Sammanfattning : Cancer är den näst mest förekommande dödsorsaken i världen följt av hjärt- och kärlsjukdomar. De mest använda cancer behandlingar såsom kemoterapi är inte tillräckligt effektiva och specifika mot cancer då de även attackerar normala celler och ger upphov till flertal bieffekter. Således har immunoterapier såsom t.ex. LÄS MER