Diversity of methanotrophic bacteria in rice fields under different crop rotation regimes

Sammanfattning: Metanotrofa bakterier använder metan som kol- och energikälla och hittas framför allt i våtmarker som risfält, där produktionen av metan är hög. Metanotrofer oxiderar metan till koldioxid med hjälp av ett enzym som kallas 'perticulate methane monooxygenase', pMMO. Den aktiva delen av pMMO kodas av subenheten pmoA. Målet med arbetet var att extrahera och isolera den väl bevarade pmoA genen som är en universell biomarkör för metanotrofer. Jordprover togs från ett risfält i sydvästra Vietnam där ris, majs och mungböna odlades. Genen pmoA amplifierades med nested polymerase chain reaction, PCR och ligerades in i en plasmid vektor. Vektorn, med pmoA genen, transformerades in i kompetenta E. coli celler för att få ut kolonier med sekvenser av pmoA genen. De kolonier som växte plockades och prover skickades till sekvensering. Resultaten, i form av nukleotidsekvenser, jämfördes genom ett fylogenetiskt träd tillsammans med kända metanotrofer av typ I och II. Det visade sig att proverna innehåll metanotrofer av både typ I och II, som formade två kluster i det fylogenetiska trädet. Det fanns mer metanotrofer i behandlingen med samtliga plantor; ris, mungböna och majs än i behandlingen med endast ris. Minst fanns det i jorden där endast ris odlades. I materialet fanns även nya sekvenser som inte hittats tidigare.