Hoppande gener och antibiotikaresistens

Sammanfattning: Hoppande gener mellan bakterier är idag en av de största orsakerna till spridningenav antibiotikaresistens. Då många sjukdomar behandlas med antibiotika är det här ettstort problem. Detta kandidatarbete syftar därför till att utveckla en matematisk modellmed uppgift att identifiera främmande gener hos en bakterie.Genom att betrakta DNA-sekvenser som Markovkedjor utformades en modell somberäknar sannolikhetsvärden för delsekvenser av en bakteries genom. Områden med lågasannolikhetsvärden urskiljdes då motsvarande DNA-sekvenser eventuellt härstammarfrån en annan bakterie. Detta utfördes för olika ordningar på Markovkedjan samt förolika längder på delsekvenserna för att få en överblick över modellens beteende.En undersökning av antagandet att DNA-sekvenser kan ses som Markovkedjor resulteradei att antagandet inte gäller. Däremot påvisar både en sensitivites- och specificitetsanalyspå simulerade DNA-sekvenser samt tester av verkliga genom goda resultat.Modellen identifierar flertalet hoppande gener varav en del går att härleda till antibiotikaresistentagener.Modellen upptäcker också områden som inte är relaterade till hoppande gener. Därförpresenteras en redogörelse för hur en eventuell vidareutveckling av modellen kangenomföras.