Bestämning av FTO (Fat mass and obesity associated gene) polymorfism

Sammanfattning: Vetenskapen har på senare år försökt fastställa de olika orsaker som leder till fetma. Det är känt att högt energiintag och för lite motion för eller senare hos de flesta individer resulterar i fetma. Det som kan konstateras är att ärftlighet i samspel med miljön vi lever i och påverkas av kan vara den huvudsakliga orsaken till en rad sjukdomar inklusive fetma. På senare år har forskare upptäckt olika gener som på ett eller annan sett är involverade i ämnesomsättningen. En sådan gen är ”fat mass and obesity associated gene”, FTO. Denna gen återfinns på kromosom 16 och har en storlek på 410 kilobaspar. Genen består av nio kodande områden, exoner, och 8 icke kodande områden, introner. Genens funktion är inte fastställd men den tycks både reglera ämnesomsättningen och lipolysen i kroppen. Tidigare studier har konstaterat att en specifik polymorfi i nukleotid rs9939609 medför ökad risk för sjuklig fetma. Uppsättningen som förekommer i nukleotiden uttrycks med A och T. Där dubbel uppsättning av A- allelen klassas som ärftlig risk för fetma. Syftet med detta examensprojekt är att bestämma polymorfi hos FTO genen med hjälp av två olika pyrosekvenserings- baserade metoder. Metod 1 bygger på extraktion av DNA från helblod, sedan amplifiering med PCR och slutligen pyrosekvensering. Metod 2, som jämfördes med metod 1, bygger på PCR direkt på helblod och pyrosekvensering. Blod från 97 friska individer analyserades. Med metod 1 konstaterades förekomst av följande genotyper i provmaterialet, 11 A/A homozygota, det vill säga har riskallelen för fetma i dubbeluppsättning, 50 A/T heterozygota och 36 T/T, vildtyp, som står för minskad ärftlig risk för fetma respektive ingen alls. Med metod 2 som skulle testas, visade sig resultatet överensstämma med metod 1. Med metod 2 erhölls följande resultat 11 A/A, 49 A/T och 34 T/T. Med metod 2 kunde inte 3 prov analyseras. Slutsatsen som kan dras utifrån studien i detta projekt är att metod 2 är likvärdig metod 1 ur analyssynpunkt. Metod 2 är arbetsbesparande tidsmässigt och även billigare då DNA extraktionssteget inte behöver genomföras. 2008:BL10