Issues on modelling of large-scale cellular regulatory networks

Detta är en Uppsats för yrkesexamina på grundnivå från KTH/Numerisk Analys och Datalogi, NADA

Författare: Torbjörn E.m. Nordling; [2005]

Nyckelord: Systems Biology;

Sammanfattning:

Vi har identifierat flexibelt utbyte och lagring av data i databaser, tillsammans med långvarig satsning på olika existerande och framtida modeller som nyckar till förståelse av det regler nätverk som utgör bron mellan geno- och fenotyp. Denna pilot studie av modellering av stora cellulära kontroll nätverk utgår från en intressant medicinsk frågeställning inom molekylär cellbiologi: Är framtvingad expression av Cdc6, aktivering av Cdk4/6 och Cdk2 tillräcklig för förankringsfri entré av cell cykelns S fas? Vi försöker konstruera en modell för att besvara denna fråga, på så sätt att vi kan detektera problem vid modellering av stora kontroll nätverk, diskutera implikationer och möjliga lösningar.

Vår modell är baserad på 1447 reaktioner och innehåller 1343 olika molekyler. Vi använde graf teori för att studera dess topologi och gjorde följande fynd: Nätverket är skalfritt och avtar enligt en potensfunktion, som var väntat baserat på tidigare arbeten. Nätverket består av ett stort väl förenat kluster. Det kan inte bli modulariserat i form av starka komponenter eller block i en användbar form. Detta eftersom vi fann en stor komponent eller ett stort block som innehöll majoriteten av alla molekyler och mer än hundra små komponenter eller block med en eller några molekyler. Vårt nätverk stämmer inte överens med en hierarkisk nätverks modell bestående av block förenade av cut-vertices.

  HÄR KAN DU HÄMTA UPPSATSEN I FULLTEXT. (följ länken till nästa sida)