Sökning: "Direct Coupling Analysis HP model proteins"

Hittade 2 uppsatser innehållade orden Direct Coupling Analysis HP model proteins.

  1. 1. Sequence Correlations in HP Model Proteins

    Kandidat-uppsats, Lunds universitet/Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisation; Lunds universitet/Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Genomgår omorganisation

    Författare :Orestes Theodoridis; [2018]
    Nyckelord :Physics and Astronomy;

    Sammanfattning : Amino acids that are in close contact in a protein structure tend to co-evolve, which gives rise to sequence correlations. Direct coupling analysis (DCA) is a method for predicting such contacts directly from sequence correlations, without assuming any prior knowledge of structures. LÄS MER

  3. 2. Testing Direct Coupling Analysis on HP Model Proteins

    Kandidat-uppsats, Lunds universitet/Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Genomgår omorganisation; Lunds universitet/Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Genomgår omorganisation

    Författare :Mustafa Kadhim; [2018]
    Nyckelord :Direct Coupling Analysis HP model proteins; Physics and Astronomy;

    Sammanfattning : Direct coupling analysis (DCA) models correlations in sets of related (homologous) protein sequences using a Potts-like spin model ansatz. From the couplings of the Potts model, derived by inverse statistical mechanics, residue-pair contacts in the 3D structure of the protein are predicted. LÄS MER