Optimering av qPCR för kvantifiering av Staphylococcus aureus och Staphylococcus epidermidis

Sammanfattning: Hudens mikrobiom utgör ett skydd mot patogener och domineras framförallt av grampositiva bakterier som Staphylococcus, där S. epidermidis är den mest förekommande arten. På huden är S. epidermidis en kommensal art och har en aktiv roll i att begränsa tillväxten och koloniseringen av patogener som S. aureus. S. epidermidis är en viktig art i att bibehålla stabiliteten av hudens mikrobiom och en reduktion av S. epidermidis innebär ökade risker för dysbios. S. aureus är en vanlig orsak till hudinfektioner och har upptäckts finnas i en hög utsträckning på patienter med atopisk dermatit samt hos diabetiker med risk för att utveckla fotsår. Syftet med denna studie var att optimera qPCR och undersöka om metoden kunde användas för att uppskatta förhållandet mellan S. aureus och S. epidermidis, vilket skulle kunna identifiera patienter med risk för hudsjukdomar. Tre primerpar undersöktes. Två var specifika mot S. aureus och en var specifik mot S. epidermidis. Flera tester genomfördes för att optimera qPCR och specificiteten av primerparen. Den annealingtemperatur och primerkoncentration som gav mest adekvata resultat användes vid den relativa kvantifieringen. Den utvecklade metoden kunde uppskatta förhållandet mellan S. aureus och S. epidermidis vid de lägre koncentrationerna (80–280 kopior/μl) bättre än vid de högre koncentrationerna (80 000–280 000 kopior/μl), men vidare optimering av metoden behövs.