Linkage mapping of phenotypic markers and marker identification in MHC in a cross between red junglefowl and Obese strain chicken

Sammanfattning: Målet med detta projekt var att i en korsning mellan röd djungelhöna och Obese strain höna kartlägga, med kopplingsanalys, de fenotypiska markörerna fjäderdräktsfärg, fjädermönster och benfärg samt att identifiera en informativ markör i major histocompatibility complex (MHC). Den röda djungelhönan anses vara anfadern till dagens domesticerade höna och Obese strain hönan utvecklar spontan autoimmun tyroidit och är modelldjur för den humana sjukdomen Hashimotos tyroidit. De aktuella lokusen involverade i de fenotypiska markörerna är Dominant vit (I)/PMEL17, Gula ben (W), Inhibering av dermalt melanin (Id), Extension (E)/MC1R, Barring (B) och Stippling. W lokus kartlades till kromosom 24, I lokus till kopplingsgrupp E22C19W28 och Id lokus 16 och B lokus båda till kromosom Z. Kartläggningen av W, I, Id och B stämmer överens med tidigare resultat men E lokus och Stippling kunde inte kartläggas. Det finns fler lokus som påverkar färg på fjädrar och ben. Dessa lokus tillsammans med geninteraktioner kan ha bidragit till att E inte kunde kartläggas. Den genomsnittliga kartlängden i denna korsning är 2358.85 cM med ett genomsnittligt marköravstånd av 6.63 cM och den hanliga kartan är 7.3% längre än den honliga. Sex enkel nukleotid variationer hittades i start- och slutsekvenserna av kromosom 16 men analyserades inte vidare. För att kunna studera relationen mellan MHC och spontan autoimmun tyroidit så behövs det en eller flera markörer i MHC. Mikrosatellitmarkören LEI0258 testades och visade sig vara informativ i korsningen. Fortsatta studier kommer att undersöka om tidigare nämnda MHC haplotyper är kopplade till svår (B13 och B15) eller lindrig (B5) sjukdom.