Metodutveckling för PCR-screening av vankomycinresistenta enterokocker (VRE) med Panther fusion

Sammanfattning: Vankomycinresistenta enterokocker (VRE) omfattar stammar av Enterococcus faecalis och Enterococcus faecium som förvärvat van-A och/eller B-operon och därmed resistens mot antibiotikumet vankomycin. Utbrott av VRE sker främst inom sjukvården och kan orsaka svårbehandlade infektioner hos riskpatienter. Vankomycin utgör ibland det enda behandlingsalternativ. Sverige har en gynnsam situation mot flera andra länder eftersom en lägre andel av enterokock-infektionerna orsakas av VRE. Studiens syfte var att möjliggöra flytt av PCR-screening av VRE från Biorad CFX96 till en egenutvecklad metod i Panther fusion för att uppnå kortare svarstider och därmed ökad patientsäkerhet. En multiplex-realtids-PCR inriktad på generna vanA och -B utformades där tre olika duplex-PCR-mixar användes. Flytt till Panther fusion krävde att någon av mixarna uppnådde likvärdig eller högre specificitet och sensitivitet än nuvarande metod. Huvudmaterial i studien utgjordes av kontrollstammar av vanA-positiva E. faecium och -B1-positiva E. faecalis. Även 14 enterokock- och ytterligare 18 isolat av varierande bakterie- och parasitarter användes. Alla dessa utgjordes av både VRE-positiva och -negativa stammar. Även vanB2 och -3 (subtyper till vanB1) användes. Alla PCR-mixar klarade av att detektera båda vanA och -B1 generna hos kontrollstammarna i Panther fusion. Den analytiska specificiteten var sämre än nuvarande VRE-screeningmetod vilket visades genom att arter bakterie- och parasitarter negativa för van-operon var positiva. Den analytiska sensitiviteten för vanA uppmättes till 1800- och vanB till 180 CFU/ml i Panther fusion. Jämförelse mellan metodens sensitivitet och specificitet med nuvarande metods ansågs överflödig innan specificiteten har förbättrats. Metoden klarade väl av att detektera alla tre subtyper av vanB med Panther fusion. Fler optimeringsförsök kommer behövas för att höja både analytisk-sensitivitet och -specificitet innan överföring av VRE-analys till Panther fusion kan bli aktuellt.