Bacteriological diagnostics of intestinal pathogens with real-time PCR - An evaluation of two molecular biology applications

Sammanfattning: Tarminfektioner besitter en framträdande problematik inom primärvården, främst i form av ett ökande antal kliniska prover orsakade av dessa infektiösa tarmsjukdomar. Därav kan ett införande av molekylärbiologiska metoder vara nödvändigt som komplimenterande screeningmetod, med intentionen att förkorta befintlig analystid utan en reducering eller begränsning av analytisk sensitivitet och specificitet. Studiens utformning involverar en utvärdering av de två kommersiella realtids-PCR applikationerna: Amplidiag® Bacterial GE Assay och BD-MaxTM Enteric Bacterial Panel Assay på kliniskt retrospektiva patientprover (n = 242). Båda metoderna detekterar totalt åtta bakteriella patogener vardera, varav fem kunde mätas gentemot referensmetod. Metoderna erhöll hög specificitet på >98% för Salmonella, Campylobacter, Shigella, EHEC samt Yersinia. Och påvisade en sensitivitet på >90% för Campylobacter, Yersinia och EHEC, medan Salmonella och Shigella utfick en avvikande sensitivitet på <90%. Någon statistisk signifikant skillnad kunde inte påvisas för Amplidiag® (p-värde = 1,00) eller för BD-MaxTM (p-värde = 0,655) vid jämförelse med befintlig odlings-diagnostik. Studien visar starka argument att föreslå multiplexa realtids-PCR-analyser som grundval för en reformering av diagnostiken för tarmpatogener, då en framstående förbättring av faktorer såsom, tidsaspekt och analysmetodens prestanda erhållits.