Optimization of a sampling and analysis process to study the effects of skin care products on the microbial skin flora.

Sammanfattning: Vår hud är hem för en stor grupp av mikroorganismer, hudens mikroflora, som påverkar vår hälsa och vårt välbefinnande. Ändå finns det många aspekter av detta ämne som ännu är outforskade. Detta projekt syftade till att optimera en metod för analys av hudens mikroflora och effekten av hudvårdsprodukter på hudens mikroflora, från provtagning och provberedning till analys med kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR). Olika testparametrar, såsom provtagningsmetoder, extraktionskitt och PCR mastermixar, utvärderades i en laboratoriemiljö med Staphylococcus aureus. Genom att tillsätta bakteriell lösning till en yta av Vitro-skin, samla bakterierna genom provtagning, extrahera provet och analysera med qPCR formulerades en metodbeskrivning. S. aureus -lösning användes i två olika koncentrationer, 5'106 och 5'108 CFU/ml och 20μL per test, totalt en ympning av antingen 105 eller 107 celler till varje testyta. Några utvalda hudvårdsprodukter undersöktes med avseende på hämmande effekter på qPCR-analysen. Fem provtagningsmetoder, två extraktionskitt och två master mixar testades totalt. De två extraktionskitten, Qiagen DNA-mikrobiomkitt och ThermoFisher PureLink- mikrobiomkitt, visade sig ha olika styrkor där DNA-mikrobiomkittet var mycket tillförlitlig och användbart för olika provtagningsmetoder och PureLink-mikrobiomkittet som var mer specialiserat producerade både högre och lägre DNA-mängd beroende på vilken provtagningsmetod som användes. Av de två testade mastermixarna, Genesig Oasig master mix och Quantabio Toughmix master mix, visade sig Toughmix vara mer motståndskraftig medan Oasig master mixens prestanda påverkades av tillsatsen av hudvårdsprodukter till analysen. Kvalitetskontroll utfördes i form av extraktion- skontroller som ingick i PCR-analysen och total DNA-koncentrationsmätningar gjorda på prover utöver qPCR. Resultaten bekräftades med statistisk analys, Anova och bonferroni-justerade t-test. I slutändan bedömdes Copan ESwab 480C topsen, Thermofisher PureLink Microbiome DNA-extraktionskitt och Quantabio Toughmix 2x master mix vara den bästa kombinatio- nen. Vidare fanns hämmande effekter från vissa hudvårdsprodukter på qPCR-analysen, där tillsats av lösnigen från en intimvåtservett resulterade i en ökning på 15 cykler och lösningen från en sminkborttagningsservett en ökning på fyra cykler av Cq-värdet jämfört med prover utan tillsatts. På grund av COVID-19-pandemin var det brist på laborato- riematerial, och det fanns några planerade tester som inte kunde genomföras. Arbetet kommer att fortsätta efter detta specifika projekt, inklusive ytterligare arbete för att säkerställa kvaliteten på den föreslagna metoden.