Sökning: "Olle Nordesjö"

Hittade 2 uppsatser innehållade orden Olle Nordesjö.

  1. 1. Searching for novel protein-protein specificities using a combined approach of sequence co-evolution and local structural equilibration

    Master-uppsats, Uppsala universitet/Institutionen för biologisk grundutbildning

    Författare :Olle Nordesjö; [2016]
    Nyckelord :Biotechnology; Bioinformatics; Molecular Structure; Protein Conformation; Computing Methodologies; Protein-protein interaction; Binding affinity; Mutation analysis; Amino acid mutation; in-silico binding affinity prediction; Two-component regulatory system; Histidine Kinase; Response Regulator; Prediction; PhoQ; PhoP; Phosphatase;

    Sammanfattning : Greater understanding of how we can use protein simulations and statistical characteristics of biomolecular interfaces as proxies for biological function will make manifest major advances in protein engineering. Here we show how to use calculated change in binding affinity and coevolutionary scores to predict the functional effect of mutations in the interface between a Histidine Kinase and a Response Regulator. LÄS MER

  3. 2. Ett sannolikhetsbaserat kvalitetsmått förbättrar klassificeringen av oförväntade sekvenser i in situ sekvensering

    Kandidat-uppsats, Uppsala universitet/Institutionen för biologisk grundutbildning

    Författare :Olle Nordesjö; Victor Pontén; Stephanie Herman; Joel Ås; Sabri Jamal; Alona Nyberg; [2014]
    Nyckelord :fluorescence in situ sequencing; quality assurance; image analysis; signal processing; bioinformatics; molecular inversion probe; padlock probe; in situ sekvensering; kvalitetskontroll; bildanalys; signalbehandling; bioinformatik; padlock probe; molekylär inversionsprob;

    Sammanfattning : In situ sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. LÄS MER